ERP和MES是制造企业管理信息系统中重要的组成部分，二者看似有着非常相似的地方，但在管理方向上存在着很大的不同，主要体现在以下六个方面：
1、管理的目标不同。ERP的重点在于财务，也就是从财务的角度出发来对企业的资源进行计划，相关的模块也是以财务为核心的展开，最终的管理数据也是集中到财务报表上。MES重点在于制造，也就是以产品质量、准时交货、设备利用、流程控制等作为管理的目标。因为不同的企业其管理重点不同，在选择信息系统的组成时，重点也不同。集团公司、商业企业、物流企业等更着重于ERP管理，而制造企业更需要的是MES。
2、管理的范围不同。ERP管理的范围比MES大，MES管理比ERP细。企业生产资源作为企业资源的一部分，也在ERP管理的范围内，也相应有生产计划、数据收集、质量管理、物料管理等功能模块，所以往往和MES会混淆。但ERP管理的范围主要是以工作中心为单位，MES能更细致到每个制造工序，对每个工序进行任务的下达、执行的控制和数据采集、现场调度。ERP要做到工序级的管理，需要进行定制开发。
3、管理的功能不同。ERP在制造管理方面的功能主要是编制生产计划，收集生产数据。MES除了细化生产计划和收集生产数据外，还有批次级的生产控制和调度的管理功能，例如：批次级的工艺流程变更，对制造设备、人员和物料的验证控制，批次分拆、合并，批次的生产订单变更等现场调度功能。
4、实现的方式不同。ERP主要采用填写表单和表单抛转的方式实现管理，现场收到的制造任务是通过表单传达，现场制造数据也是通过填写表单完成收集。MES是采用事件的方式实现管理，生产订单的变化和现场的制造情况，通过MES内置的WIP引擎立刻触发相关事件，要求相关人员或设备采取相应的行动。因此，MES可以减少数据的输入工作，减少差错，也提高了及时性。
5、管理的时间周期不同。正是因为MES采取了WIP引擎来驱动管理，能够做到现场的“实时管理”：上级生产计划和生产调度能立刻反映在制造现场的作业界面，现场的生产数据和异常情况也能实时反映在管理岗位的监督界面，使得及时调度成为可能。ERP的表单方式不可避免会有一个录入的周期，因此在生产调度上会有两个录入周期的滞后，对于制造周期短的生产可能会造成影响。
6、工作方法的不同。为了实现对制造现场的实时控制和调度，现场的工作方法也会发生一些变化。没有信息系统时的工作方法是从生产计划部门获取生产订单或生产进度，完成现场作业后将生产情况填写在制令单或批次流转单上向上级报告。ERP的方式与此类似，只是制造现场和生产管理部门的接口通过信息系统来连接。但使用MES系统后，工作现场的指令下达和数据收集都是通过信息系统来实现的。
从以上六个角度可以看出，MES和ERP既存在分歧也有着很多的联系。只有将二者有机结合起来，各司其职，方能为企业带来最佳的管理效率和经济效益。
