台湾今日新闻网21日报道称，民进党“立委”管碧玲19日分别邀请“国安局长”李翔宙和“国防部长”严明说明此事对“国安”的严重危害。管碧玲称，李翔宙很内行，一听就知道问题会出在船底，所以大陆船被拖到台中港后一定会架上船坞，仔细检查;至于从上海到台中港的这段航程，走的是直航通道，“较无国安疑虑”。
严明也表示强烈反对的态度，并称绝对不能在“内水”施工。报道称，“国防部”的态度非常强烈，希望大陆工作船能不进来就不要进来，甚至建议航港局“否准”，因为包括流速、流向、波高、周期、水温和水密度等敏感的水面下水文数据，恐将因此一一曝光;而此次提出申请的“福海风电公司”将使用大陆平台船架设海气象观测塔及30座风机，分布在不同的水深范围;若大陆船蓄意探测，将能获得完整、立体的水文数据，甚至连途经的船只都能被侦测进去。“国防部”认为，若大陆船非来台不可，将提出包括测深仪、声呐等5项设备的检查清单及检查标准作业流程，“必须在航港局会同国防部同意后，才可放行”。
绿营同时质疑称，这艘准备来台的“华电1001”9月1日才在大陆举行命名交接典礼，航港局却早在8月26日就发出“碍航通告”，提醒过往船只要注意安全;而“移民署”以“履约活动”名义，同意39名平台船的操作人员来台，“其中的厨师、水手、司机等，身份符合履约活动规范的事业负责人或经理人、事业专门性或技术性人员吗？……这已沦为‘假商务、真中劳’的来台快捷方式”。对此，航港局发新闻稿澄清称，大陆工作船来台作业是配合“经济部能源局”的能源政策，推动离岸风力发电示范计划，是设置海气象观测塔，并非探测水文资料。声明还说，将透过跨部会合作共同建立事前预防、事中监督等防范机制，确保工作船施工期间仅能从事符合申请目的的施工，确保“国安”无虞。
据台船发言人、副总王海涛介绍，福海公司规划在彰化芳苑外海11公里架设30架风力机，一艘平台工作船造价约40亿元新台币，工期两至三年，所以根本来不及，因此租用大陆平台船，由大陆拖船从当地拖到台中港，再由台湾的拖船拖到彰化外海，然后在该海域作业，大陆拖船则从台中港返回大陆。王海涛还透露，目前计划以先完成安装气象塔为主，大陆技术人员将有十几人来台操作工作船，工作十多天完成安装后，人员及平台工作船都会离开台湾，等明年安装机组时，再另外处理。
连日来，岛内部分舆论对大陆车、船相当敏感。此前，一张“大陆车国道趴趴走”的照片在台湾网络流传，有人甚至声称大陆是在台湾“宣示主权”。后来台“公路总局”出面终于说清楚，原来近十年来，大陆车在台有8辆，其中2009年远传电信申请3辆大陆移动电信数据车，支援“八八风灾”灾区通信。《自由时报》21日称，大陆车、船相继闯关台湾，一个有“主权”宣示的意涵，一个有侵害“国安”的实质，都是不该进来的，“但马政府就是一路放行……恐怕全国最大的共谍，就是马政府本身”。
岛内风电业者则是一肚子苦水。他们称，台湾“经济部”对风电产业的支持和奖励非常少，对相关产业链如工作船、探测船的配套简直就是趋于零，而这种大型工作平台船，在亚洲只有日本和大陆有，但日本的船期很难订，如果不用大陆船，就只能从欧洲租。
然而，台湾由于有东北季风和台风，工作期难以估计，若从欧洲租船，不但要支付长途来回费用，调度弹性又相当低，“如果刚好到了台湾，海象却不宜施工，时间到了船还是一定得走”。业者直言，若要消除“国安”疑虑，又避免台湾离岸风电业者夭折，唯一办法就是发展台湾的全套风电产业链，让风电施工能自给自足，“但现在才开始做，实在缓不济急，至少还有三四年的空窗期”，未来争议恐仍难免。
