三是整体生产力水平较低。煤炭领域很多基础理论和重大技术亟待突破和创新，煤炭技术装备的自动化、信息化水平及可靠性程度低，采掘机械化程度和生产效率远低于先进产煤国家。产学研融合程度较低，专业技术人才严重短缺，煤炭生产建设快速增长受到制约。小煤矿数量仍占全国煤矿总数的80%以上，绝大多数装备水平差、管理能力弱、职工素质低、作业环境差。
四是安全生产形势依然严峻。全国大中型矿井平均开采深度接近500米，且以年均约20米的已占30%。超过千米的深井达30处。随着采深增加，煤炭开采条件更为复杂，高瓦斯矿井每年增加4%，煤与瓦斯突出矿井每年增加3%；占1/3产能的煤矿亟需安全改造，占1/3产能的煤矿需要逐步淘汰。重特大事故尚未得到有效遏制，一般事故时有发生，煤矿安全生产问题依然突出。去年11月10日，云南省师宗县私庄煤矿发生特别重大瓦斯突出事故，造成35人死亡，煤矿安全管理仍存在薄弱环节。
五是煤炭开发对生态环境影响大。煤炭开采引发水资源破坏、瓦斯排放、煤矸石堆存、地表沉陷等问题，对矿区生态环境造成危害。煤炭生产完全成本制度尚未建立，矿区生态环境恢复治理投入不足，一些矿区“旧账未还、又欠新账”，给将来发展埋下隐患。资源枯竭矿区环境治理任务艰巨，转型发展负担沉重。
六是行业管理不到位。行业管理职能分散、重叠，行政成本大、效率低。大型整装煤田人为肢解，资源配置与矿区总体规划缺乏有效衔接。部分企业炒作矿业权，部分地区片面以就地转化为条件配置资源，资源获取成本升高，一些老的煤炭企业资源接续尤为困难。行业准入门槛低，一些不具备技术和管理实力的企业投资办矿，存在安全保障程度低等问题。
