依照“深下游、畅中游、延上游、通支流”的总体思路，南京以下航道基本实现了深水化、中游荆江航道有效应对了三峡工程运行的影响，上游Ⅲ级航道已上延至宜宾。
不过，黄金水道不仅是水道，最关键的还在于水道周边的港口，港口是各个运输方式汇集的枢纽，对此，“务必重视港口的规划建设，”交通运输部规划研究院总工程师孙小文强调，“特别是港口的资源，也就是岸线、土地以及通道，谁在未来的30年到50年内还拥有港口的资源，谁就拥有未来港口发展的潜力。”
相关数据显示，2013年，长江干线港口生产泊位达到4296个，万吨级以上泊位459个，拥有10个亿吨大港。
除此之外，2013年长江干线的货物吞吐量为19.2亿吨，2005-2013年均增长10.7%，港口吞吐量为21.36亿吨，2005-2013年均增长13.1%，据预测，2020年长江干线货物通过量和港口吞吐量规模分别将达到26亿吨和30亿吨。
港口吞吐量的大小直接反映了各个港口的能力以及规模，要想进一步增加港口吞吐量，港口自身硬件设施必须提高。
交通运输部长江航务局管理局副局长朱汝明分析称，长江航运还存在着局部河段航道条件不畅，三峡坝区通过能力不足，船舶大型化、标准化程度不高，港口综合枢纽作用发挥不够以及安全形势稳而不定、行业转型升级和可持续发展能力不强等发展瓶颈。
另外，除了要注重产业转型升级背景下的长江港口的硬件设施建设，相关政策的落实也具有重要意义。有专家表示，启运港退税政策能够为港口地区带来不少便利，未来这项政策要在更大范围内施行。
部分沿江大桥渐成通航壁垒
“当黄金水道和国家实际情况相结合的时候，这个战略的主要着眼点就是长江中上游地区，也就是我国的中西部地区。”孙小文说。
要建成横贯东西、沟通南北、通江达海、便捷高效的长江经济带综合立体交通走廊，长江中上游的通航能力的增强无疑是关键点。
上海海事大学教授王学峰认为，现阶段需要解决问题之一就是“大桥对长江上下游航运对接的限制”。
专家认为，现在一些沿江城市的长江大桥，通航净高、跨度过小，已经成为制约长江中上游黄金水道的重要因素，严重影响黄金水道航运潜力的挖掘。
以郑蒲港为例，该港是天然的深水港口，是长江黄金水道唯一没有开发的万吨级深水良港。“目前郑蒲港最大容纳货物2万吨，如果南京长江大桥不影响的话，可以提供10万吨的货运量。”当地港航专家表示。
矛盾点在于，现在海轮的桅杆高度是32米，但是南京长江大桥可通过高度是28米，“南京长江大桥在江苏，而我们这个属于安徽，没有权限，它是中国的第一座大桥，拆的可能性不大。”当地有关人士称。
从2006年开始，南京长江大桥阻碍上游航运发展的问题已被提出，曾有专家呼吁将南京长江大桥的一部分也就是南京铁路大桥拆掉，拆完以后桥的净身高是34-35米，目前对此尚无定论。
交通部总工程师徐光认为，皖江城市带上的马鞍山、芜湖等地的港口相较于武汉、重庆等地离出海口更近，运输距离更短；且由于地处长江下游，航道的水深更好，承载船舶吨级更大，这些优势决定了其在承接产业转移过程中将发挥更大作用。
国务院意见提出，要建立区域互动合作机制，统筹研究解决长江经济带发展中的重大问题。专家表示，在长江经济带已上升为国家级战略的当下，如何解开南京长江大桥这把长江上的“巨锁”，也将提上议事日程。
