以深圳地铁为例，其一期工程的两条线路总长21.6公里，于2004年通车，106亿元的投资中，财政投入70％，其余30％为长期贷款。2011年开通的二期工程5条线路，总长158公里，除4号线续建项目由港铁公司投资，其余线路投资均来自政府，其中财政资金和贷款各占一半。三期工程5条线路计划总投资1018亿元，资金来源尚不明确。
"银行的态度是，为地铁项目大胆放贷，项目情况基本不去调研。原因就在于这种贷款有财政担保，债务也由各城市自行承担。"前述地铁研究人士表示，为缓解资金压力，目前很多地方政府只还贷款利息，或是借新还旧，或对旧的贷款进行展期。
虽然地方政府在上报地铁总体网线规划时，并不需要明确建设时间表和总投资等内容，往往在随后上报近期建设规划和工程可行性研究报告环节中调整报批节奏。而且地方政府还可通过弹性落实开工时间和建设周期，在一定程度上规避筹资压力。但是，业内人士仍然担心，巨量的贷款会令本就居高不下的地方债务雪上加霜。
安邦集团曾为多个地铁项目提供咨询服务。其研究人员在四川等地调研发现，地方债务的危机远超于统计数据，"因为公布的仅是常规的债务平台的统计，不包括很多隐形的地方债务，例如拖欠的工程款、被挪用的各种专项资金等"。安邦集团董事长陈功呼吁，中国地铁建设应该放慢一些，以降低风险。
不过，也有专家仍持乐观态度。"既然地方政府很积极希望项目获批，足以说明各地有不同的方法来解决资金问题。基本思路是地方财政投入力度加大，并利用地铁周边的物业、土地溢价等条件，与地铁运营结合起来。"国家发改委综合运输研究所研究员罗仁坚认为。
可持续运营难题
除了建设投资高度依赖银行贷款以外，地铁运营的可持续性也备受关注。事实上，在全世界范围内，鉴于自身的公共产品属性，绝大部分地铁都在亏损运营，地铁发展的可持续性问题实质上成为对各地政府财政能力的拷问。
据北京大岳咨询公司总监毕志清介绍，地铁的亏损额度，通常是综合地铁每公里建设成本、客流量、客票收入等多个因素核算。比如，建设20公里的里程，每公里地铁建设成本按7亿元计算，共需投资140亿元。通常来说，在30年内，客流量较好的线路，可回收投资20％，如客流量过低，几无回本。
基于此种测算，有业内人士分析，去年9月国家发改委批复的25个轨道交通项目，在30年内投资至多能回收10％，"而一些二三线城市的线路可能连保本都做不到"。
为了实现可持续性运营，北京地铁4号线曾借鉴香港模式，进行公私合营尝试。北京市在4号线的可行性研究阶段，便决定实行投资、建设、运营三分开的体制，其中，香港铁路有限公司（下称港铁公司）作为运营方被引入，展开公私合营模式，即PPP模式(Public Private Partnership)。北京市引入港铁公司的初衷，是希望汲取香港地铁建设运营的经验，探索新的投融资和建设运营模式，以改善北京地铁运营持续亏损的状况。港铁公司是世界上唯一盈利的地铁公司。
具体而言，在4号线近160亿元总投资额中，京港地铁有限公司（港铁公司、北京市基础设施投资有限公司、北京首都创业集团有限公司三方合资成立）占30％，并负责运营30年，其他由政府平台出资。此外，运营期间的重置更新费用预计在100亿元左右。
香港地铁运营盈利的主要来源为：站内商业开发以及票价按里程计费。然而，这两点在北京都无法实行。
根据北京市的规定，地铁站内禁设置零售商业设施。而在最初的特许协议中，4号线的核定票价为3.34元，此后，北京实施2元的一票制，每年需要向4号线提供票价补贴，2010年一年补贴金额就达6.4亿元。
这样一来，4号线仍然是依靠财政补贴运行。"北京市仅每年给地铁运营补贴就是20亿元，还不包括对投资部分的补贴。"前述地铁研究人士说。
一份深圳地铁投资、运营补贴的内部材料显示，2011年至2020年，深圳地铁运营亏损补贴约150亿元，线路需追加投资110亿元，仅4号线一条线路需补贴约50亿元。
"如果单纯依靠政府补贴是贴不起的，也是不可持续的。"周干峙认为，其他公共交通，如果运营不下去可以停掉，地铁因投资和涉及群体过大却不可能停，这给未来留下更大的包袱。
在相关专家看来，巨额补贴至少不是每个想拥有地铁的城市都能支付得起的，即使像北京和深圳这样的一线城市也不堪重负，在探索他途。据前述地铁研究人士透露，一些城市压力很大，"票款还不够初期的运营成本，相当于前期投资的100％都是公益的"。
北京交通大学经管学院教授赵坚认为，因为地铁运营全面亏损，难以吸引民营资本进入。因此，从国外的地铁发展经验来看，只有人口密集的大城市出于公共交通的需要而建设地铁。
陈功亦表示："地铁系统复杂，放到一个周期里去看，运营成本甚至比一次性的前期投资更需要权衡和考虑。"
"以地养路"模式
现实中的建设和运营压力，正在使更多地方尝试模式创新，以期破解难题。
其中，香港地铁的建设运营模式颇受各地青睐，已有多个地方加以复制。此种模式的核心在于，通过周边土地溢价以及物业、商业区块开发，将相关收益反哺地铁。"所有城市现在都在土地上动脑筋，这也是目前唯一可以动脑筋的地方。"陈功说。
比如，国家发改委给深圳地铁7号、12号线可行性研究报告出具的批复文件中指出，地铁项目的资本金"主要来源为轨道交通上盖及沿线土地的开发收入，在土地收益不能满足需求时由市财政资金投入"。
