在制造业企业集成方面，存在两种架构类型。第一种类型指集成系统（如计算机系统或通信系统）的某一部分的架构或物理结构。第二种类型指物理集成开发项目的架构或结构，即详细说明集成化企业开发项目的生命周期的那类架构。目前架构概念还未被充分利用，其中一个原因是在企业系统的重大特点描述方面缺乏合适的架构表示形式。通过对过去和新近企业架构方法的回顾，可以清楚的发现第一类架构的开发还很不充分，尤其需要更为抽象的参考架构，这将有助于重用成熟架构解决方案，以便在执行企业集成工程项目时能节省时间和费用。同时还需要协调和映射现有的架构类型，包括企业集成和互操作性框架。
笔者认为以下研究问题将是未来几年内要面临的挑战：
（1）企业架构需要更多的关注经营策略与执行技术的协调，不应仅仅关注于业务或信息技术及其单独的研发。
（2）必须开发一种更为抽象的企业架构语言以便描述设计初期的企业架构及其特性和特征。
（3）现有的架构设计原则及其形式还未发展到令人满意的水平，无法给企业架构带来显著的改善。这个领域还需要进行更多的研究以便推动良好的规范与理论的重用。
（4）开发出一个能准确说明企业架构领域的概念及其特征的本体也是一项极富有挑战性的任务。采用这个本体可以清楚的理解该领域内的论域，避免对架构提案的多重甚至是冗余的开发。企业架构本体也涉及不同企业架构提案间的语义互操作性问题。
很显然，目的就是为了提高特定模型的准确性、完整性、相关性和质量水平。实际上，按照公认的模型驱动工程原则，无论工程项目的目标是什么（如：企业网络内的软件开发、集成、风险分析、业务及组织互操作性分析和改善），都将用到不同性质并涵盖不同目的的模型。系统工程将在系统的整个生命周期内提供集成、校核、验证和确认的流程。同样，信息软件工程和集成领域的大量工作也都将为执行这些活动提供形式化的技术和工具。
