凹印在成品率方面同其他印刷方式相比有着明显的不足。同样为轮转方式的薄膜印刷，机组式凹印机的损耗为6%～7%，而卫星式柔印机的损耗仅为1%～2%，差异之大令人震惊。即使同为机组式轮转印刷方式，由于纸路长短的关系，凹印机比柔印机的损耗也要高许多，仅换卷一项而言，虽然都需要2～3个纸路的损耗，但由于凹印机的纸路明显比柔印机的纸路要长，所以损耗就要高出不少。这还不包括由于凹印的印刷压力是各种印刷方式中最大的，因此凹印机各色组在机械同步速度上的损失也是最大的，由此造成凹印在套印不准上存在大量损失；同时，也不包括凹印由于上墨方式的影响，刀丝（或称刀线）只能暂时解决但无法永远消除而造成的质量损耗。
凹印固有特点带来的故障难以消除为了提高成品率，凹印企业确实已尽了最大的努力，如将印刷门幅放宽，有一家凹印企业，4～5台凹印机的幅宽都在1600mm，为的是节约边丝损耗，以提高成品率。其实凹印机门幅越宽，其承印材料宽度两端在套准上越难控制，印刷时套准误差越大。凹印企业虽然不断地进行设备更新、加强培训，然而成品率提升见效不大。这在原材料价格居高不下的今天，对凹印企业的经营者来说，实在是一个难以克服的障碍。
凹印上述质量问题的产生同其印刷工艺上固有的缺陷有关，但遗憾的是，不少同行还没有意识到这点，对于印刷过程中存在的如此大的损耗，往往归罪于一线操作人员的技艺不精或责任心不强。在制定印刷工艺时，管理部门无法细化，只能寄希望于一线凹印机长的现场处理能力，而一线操作人员由于学识水平的局限性，充其量只能依靠以往一些不完整的经验。因此就形成了目前凹印工艺控制的尴尬局面：上面放弃领导，下面无所适从。软包装行业的成品率普遍达不到90%，有些软包装企业的成品率甚至更低。既然凹印质量问题的存在有其必然性，那么彻底解决其问题只有从其他工艺中吸取经验，改善或改造凹印工艺本身。
