审计发现，本次延伸审计的5044个项目中，涉及资金621.09亿元，有348个项目单位挤占挪用、虚报冒领“三款科目”资金16.17亿元，占延伸审计资金额的2.6%。
据悉，2011年和2012年，中央财政预算共安排本级和转移支付给18个省“三款科目”资金818.83亿元，涉及8328个项目。
根据审计公告列出的违规名单，涉及汽车、空调、造纸、玻璃、钢铁、水泥等多个行业，而且诸多国企亦榜上有名，其中有单位将专项资金挪用作为经营，有单位挪用支付单位人员工资和差旅费等支出。
比如，上海电气集团股份有限公司将申请获得的课题经费7.76万元挪用于无关人员差旅费支出，中国电力工程顾问公司将申请获得的课题经费32.96万元挪用于与项目无关的出国费支出。中国电力科学研究院将中央财政海洋可再生能源专项资金1.88万元挪用于与项目无关的出国费支出等。
在审计署指出上述问题后，审计署农业与资源环保审计司的相关负责人介绍，有关地方部门和项目单位已将被挤占挪用的资金归还原资金渠道2.05亿元，收回被套取骗取的资金2.14亿元。
与此同时，审计署向司法机关移送案件线索29起，涉案人员41人，目前正在依法查处之中。
值得一提的是，审计署此前发布的“10个省区1139个节能减排项目审计结果”亦显示，少数企业和项目实施单位通过提供虚假信息、编造虚假资料等方式违规申请并获得1.41亿元专项资金，违规将1.29亿元专项资金用于日常办公、购买理财产品、工资支付、拨付公司经营等非节能减排方面支出。
对此，中国社科院财贸所研究员杨志勇表示，“三款科目”资金以及中央和省级财政投入的节能减排专项资金设立的主要政策目标是推动节能减排，促进可再生能源的利用。要避免国家节能补贴资金沦为企业、单位隐形福利，一方面，可以改变对“三款科目”补贴形式，通过减税等其他方式进行补贴，减少现金直接补给；另一方面，需要进一步加大审计力度，让违规资金使用无所遁形，同时，对相关违规人员从重处罚，起到威慑作用。
除此之外，杨志勇表示，也应该在制度上强化主管部门审核、第三方评审机构对节能减排项目的审核工作。
根据审计署发布的“三款科目”资金的审计报告，因主管部门审核不严、第三方评审机构未尽责等，造成217个项目单位以“报大建小”、重复申报等方式违规获得“三款科目”资金8.35亿元。
比如，扬州市财政局、城乡建设局未严格审核企业上报的示范项目建设而使得6个项目违规获得中央财政可再生能源建筑应用专项资金30.9万元。
