第一，企业的营销、计划、制造、物流、采购部门原先都是独立操作的部门，彼此孤立运作，仿佛隔墙抛砖。导入了供应链管理以后要求这些部门协同工作，从企业的整体利益综合考虑所有需求与供给的制约条件来制定并执行最优化的生产、采购计划，以满足需求。然而在协同的过程中，部门间难免会发生利益上的冲突，比如产品部门与采购部门从各自的角度出发会制定出不同的计划。产品部门会从重要客户和特定需求出发制定采购计划，而制造和采购部门则会从整体预算控制的角度考虑来做物料的采购，这样以产品为导向和以客户为导向的不同计划就会产生差异。
第二，供应链能够把需求信号反映到供应末端，同时也需要利用生产与库存的现况反过来约束前端的营销部门。需求满足能力的最大化就是要尽量避免不计成本地满足，不计成本地营销，因为它们是不可持续的模式。
第三，企业的研发部门制定出的产品架构通常过于市场导向，过于复杂，在物料的重复使用率和模块化等等方面的考虑比较欠缺。目前企业领导者能够从供应链运营效率出发考虑研发的还比较少。
这些问题实际上可以归结为供应链管理在促进企业不同部门（营销、研发）之间互动时存在的困难。它们共同的解决办法就是在企业中建立一个强势的组织，来推行和强化供应链管理。
